М-96 стала единственной подводной лодкой Краснознаменного Балтийского флота, погибшей в 1944 году. Разведывательно-водолазная команда искала М-96 более трех лет: только в российских территориальных водах поисковики-подводники проверили около 200 квадратных километров морского дна, несколько раз пройдя курсом погибшей субмарины. Однако обнаружить ее удалось в современных эстонских водах в районе боевого патрулирования.